Фамилия Шаглаев — редкая и, скорее всего, тюркская по происхождению. Её основа «шагла» не встречается в русских говорах, зато имеет параллели в тюркских языках, где могла означать прозвище, связанное с внешностью или характером. Наиболее вероятная версия — от тюркского слова «шагла» (или «шаглы»), которое в разных диалектах переводится как «косой», «кривой» или «рябой». Прозвище Шагал могли дать человеку с заметным дефектом зрения или шрамом на лице — такие прозвища были обычны в среде кочевников и оседлых тюркских народов (татар, башкир, ногайцев, казахов).

Модель образования типична для русской адаптации тюркских фамилий: суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного) указывает на принадлежность — «сын Шаглая». В русском языке конечный «л» смягчился, что и дало написание через «е», а не через «а» (не Шаглаев, а Шаглаев). По сути, это патроним, закрепившийся в качестве фамилии в XIX веке, когда крестьяне и казаки получали официальные фамилии по имени или прозвищу отца.

Географически фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Это указывает на возможную связь с башкирскими или татарскими родами, которые в ходе ассимиляции перешли на русскую фамильную модель. Встречаются также единичные носители среди кавказских народов, например, у кумыков, но там основа могла быть другой — от местного имени Шаглы, означающего «светлый» или «ясный».

Второстепенная, менее правдоподобная версия — связь с арабским именем Шагли (от «шагль» — «занятие, дело»), но для русской фамилии это нетипично: такие имена редко становились прозвищами в крестьянской среде. Поэтому основной версией остаётся тюркское прозвище по внешнему признаку.

Сословно фамилия не элитарная: Шаглаевы — это, скорее всего, бывшие государственные или ясачные крестьяне, реже — казаки. В дореволюционных записях по Оренбургской губернии встречаются Шаглаевы среди казаков Уральского войска, что подтверждает связь с тюркским населением, служившим на границе.