Фамилия Шаграева — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного указания на профессию или личное имя предка, зато есть характерный тюркский след. Основа «шагр» или «шагыр» в тюркских языках может означать «кривой», «косой», а в переносном смысле — «хитрый», «изворотливый». Встречается и значение «шагр» как «молодой баран» или «ягнёнок» (в некоторых диалектах). Скорее всего, прозвище Шаграй дали человеку с каким-то заметным изъяном во внешности или повадках — кривому, косоглазому либо, наоборот, ловкому и увертливому.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилии от прозвища, оканчивающегося на «-ай». Такая схема типична для фамилий, возникших в среде крестьян и служилых людей в XVI–XVII веках, когда тюркские прозвища активно переходили в русские фамилии. Женская форма Шаграева — это, разумеется, вариант по мужу или отцу; мужская фамилия звучала бы как Шаграев. Географически фамилия привязана к югу России и Поволжью: чаще всего встречается в Волгоградской, Астраханской областях и в Калмыкии, где исторически сильны тюркские и монгольские языковые влияния.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная: основа могла восходить к арабскому слову «шагр» (شعر) — «волосы», «шерсть». Тогда прозвище могло относиться к человеку с густой или необычной растительностью на лице. Но в русской ономастике этот корень почти не зафиксирован, а тюркская этимология подтверждается и соседними фамилиями — Шагров, Шагиров, Шагаров.

Сословная принадлежность носителей Шаграевых, скорее всего, была крестьянской или казачьей. В ревизских сказках XIX века эта фамилия встречается среди государственных крестьян и однодворцев южных губерний. Дворянских родов с такой фамилией не известно. Таким образом, предок Шаграевых — человек, получивший меткое прозвище за внешность или характер, а фамилия закрепилась в тех местах, где русский язык веками соседствовал с тюркскими наречиями.