Фамилия Шагжеев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корень, нужно обратиться не к славянским, а к тюркским или монгольским языкам. Основа фамилии, скорее всего, восходит к личному имени Шагжи (или Шагже) — варианту имени, распространённого у бурят, калмыков и некоторых тюркских народов. В бурятском языке «шагжа» может означать «терпеливый», «выносливый» или быть связанным с религиозным понятием (от тибетского «шагжа» — вид буддийского монаха). Таким образом, Шагжеев — это «потомок Шагжи», то есть человека с таким прозвищем или именем.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от иноязычных имён. Обычно он присоединялся к основам, оканчивающимся на согласный или «й», чтобы адаптировать нерусское имя к привычной системе. В данном случае исходное имя Шагже (или Шагжи) через притяжательную форму «чей?» — Шагжеев, то есть «сын Шагже», превратилось в фамилию.

Географически фамилия Шагжеев почти наверняка связана с Бурятией, Забайкальским краем, Иркутской областью или Калмыкией — регионами, где исторически живут буряты и калмыки. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит либо о локальном распространении в одном роде, либо о поздней русификации. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её можно искать именно в этих ареалах.

Есть и менее вероятная версия — от тюркского слова «шагжа» (шахжа) в значении «княжич», «знатный отпрыск», но это предположение слабее, так как такая форма не зафиксирована в основных тюркских языках. Более правдоподобно, что фамилия хранит память о степном кочевом прошлом предков, их языке и буддийских традициях. Носитель фамилии Шагжеев, скорее всего, потомок человека, которого в своём сообществе знали как терпеливого, выносливого или имевшего отношение к буддийскому духовенству.