Фамилия Шаинидзе — яркий пример грузинской модели образования фамилий, и разобрать её стоит именно с суффикса. Окончание -дзе (в грузинском ძე) означает «сын» или «потомок». Это самый распространённый фамильный формант в Западной Грузии, особенно в Имеретии, Гурии и Аджарии. Фамилии на -дзе, как правило, указывали на происхождение от конкретного человека, ремесло или прозвище.

Основа «Шаини» — спорная и редкая. Самая вероятная версия: она восходит к грузинскому слову «шаини» (შაინი), которое означает «сокол» или «ястреб». В таком случае Шаинидзе — это «сын сокола» или «соколиный потомок». Прозвище Шаини мог получить человек, связанный с соколиной охотой — знатное занятие в феодальной Грузии, или же обладатель острого, «хищного» взгляда. Менее вероятна, но возможна связь с персидским «шах» (царь) через грузинское заимствование, но это потребовало бы дополнительных фонетических изменений, которые неочевидны.

Географически фамилия Шаинидзе привязана к западным регионам Грузии. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного родоначальника в конкретном селе или ущелье. Сословно носители этой фамилии могли быть как князьями (азнаури), так и свободными крестьянами, поскольку прозвища по профессиям и качествам давали всем слоям. В советское время фамилия распространилась по Грузии и за её пределами, но её грузинский корень и суффикс остаются главным ключом к происхождению.