Фамилия Шакалакова — женская форма мужской фамилии Шакалаков. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Шакалак. Слово «шакалак» в русских говорах не зафиксировано, поэтому для объяснения происхождения приходится обращаться к тюркским языкам, где «шакал» (çakal) означает известное хищное животное. Уменьшительный суффикс -ак в тюркских языках мог придавать прозвищу оттенок «молодой шакал» или «шакалёнок». Человек с таким прозвищем мог получить его за внешность, повадки или хитрость.

Модель образования фамилии — типичная для русской ономастики: тюркская основа плюс русский патронимический суффикс -ов (Шакалак → Шакалаков). Фамилия указывает на то, что предок носителя носил прозвище Шакалак. Поскольку фамилия относительно редкая, её география может быть связана с регионами, где исторически был силён тюркский субстрат: южные области России, Поволжье, Северный Кавказ. Встречается она и в среде донских и кубанских казаков, где тюркские заимствования в прозвищах — обычное дело.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «шакал» в значении «пустой, вздорный человек» или «сплетник». В некоторых говорах так могли называть крикливого, беспокойного человека. Но эта гипотеза слабее, потому что не объясняет суффикс -ак, который не характерен для русских прозвищных моделей в таком значении.

Фамилия не имеет отношения к дворянским родам и, скорее всего, возникла в крестьянской или казачьей среде. В дореволюционных источниках она почти не встречается, что говорит о её позднем оформлении — вероятно, в XVIII–XIX веках, когда фамилии активно закреплялись за бывшими однодворцами и государственными крестьянами юга России.