Фамилия Шахкян — армянская по происхождению, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса, который сразу указывает на этническую и географическую принадлежность. Окончание -ян (в старой орфографии -янц) — самый распространённый патронимический суффикс в армянском языке. Он означает «из рода» или «принадлежащий к», примерно как русские -ов/-ев или -ин. Соответственно, Шахкян — это «потомок Шахака» или «из семьи Шахака».

Основа фамилии — Шахак. Здесь есть два возможных объяснения, и оба укладываются в армянскую ономастику. Первое: Шахак — это уменьшительная или ласкательная форма от имени Шах (арм. Շահ), которое, в свою очередь, восходит к персидскому «шах» — царь, владыка. В армянских именах и фамилиях персидские заимствования не редкость, особенно в среде знати и купечества. Второй вариант: Шахак могло быть прозвищем от армянского слова «шах» в значении «царский» или «величественный», закрепившимся за человеком с гордой осанкой или властным характером.

Фамилия Шахкян не относится к числу массовых, но встречается в Армении и в армянской диаспоре, особенно в регионах, исторически связанных с Персией — например, в Джульфе (Нахичевань) или среди армян Ирана. В Российской империи носители фамилии фиксировались в Тифлисской и Эриванской губерниях. Примечательно, что в некоторых документах XIX века фамилию могли записывать как Шахкянц — с сохранением старого суффикса, который со временем редуцировался до -ян.

В социальном плане предки Шахкянов, скорее всего, не были крестьянами в привычном для России смысле. Армянские фамилии на -ян в Закавказье часто носили ремесленники, торговцы, священники или мелкие землевладельцы. Если отталкиваться от «царского» корня, можно предположить, что основатель рода имел отношение к административной или военной службе при местных правителях, но это лишь гипотеза, которую не подтвердить без генеалогических записей.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шахназарян, Шахвердян, Шахбазян — показывает, что все они построены по одной модели: имя или прозвище с корнем шах- плюс суффикс -ян. Шахкян выделяется тем, что основа короче и не содержит дополнительных компонентов (как «назар» — смотреть, или «верд» — дар), что делает её одной из самых прямых по смыслу: просто «царский отпрыск» или «сын Шахака».