Фамилия Шахънов — редкий случай, когда написание хранит след старой орфографии. Буква «ъ» в корне указывает на дореволюционное правописание: до реформы 1918 года слово «шахъ» писалось именно с твёрдым знаком на конце. После реформы большинство фамилий, образованных от таких слов, переписали в современном виде — Шахнов. Сохранение «ъ» говорит либо о том, что носители сознательно удерживают историческое написание, либо о том, что фамилия была зафиксирована в документах до реформы и не менялась.

Основа — «шах». Тут возможны два источника. Первый — тюркское или персидское слово «шах» (царь, правитель), которое могло стать прозвищем для человека властного, гордого или занимавшего видное положение в общине. Второй — арабское «шах» (свидетель), которое в мусульманских именах встречается как часть сложных имён (например, Шах-Али). В русских говорах «шах» также могло означать «хвастун» или «задира» — такое значение фиксируют диалектные словари.

Суффикс -ов — стандартный русский патронимический показатель, указывающий на принадлежность: «сын Шаха». Модель типична для фамилий, возникших в XVI–XVII веках у служилых людей, торговцев и крестьян, особенно в южных и восточных регионах России, где было сильнее тюркское влияние.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шахов, Шахнов — показывает, что Шахънов стоит особняком. Шахов образован напрямую от «шах» без дополнительного суффикса, Шахнов — более поздняя и упрощённая форма. Шахънов же, с твёрдым знаком, мог принадлежать старообрядческой или купеческой среде, где дореволюционные нормы письма сохраняли дольше.

География фамилии неширокая: отдельные семьи встречаются в документах XIX века в Астраханской и Оренбургской губерниях — регионах, где пересекались русские, татарские и кавказские влияния. В переписях XX века фамилия почти не фиксируется, что делает её редкой и локальной.