Фамилия Шахоткин — одна из тех, где ясна словообразовательная модель, но неочевидна основа. Образована она при помощи суффикса -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Шахоткин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Шахотка. Суффикс -ин типичен для фамилий, возникших от слов с окончанием на -а/-я, и здесь он прикреплён к основе, которая сама имеет уменьшительный суффикс -к-.

Корень фамилии — «шахот». Это нестандартное слово, и его происхождение ведёт к двум основным версиям, обе правдоподобны. Первая: основа связана с диалектным глаголом «шахать» или «шахнуть» — в некоторых говорах так говорили о быстром движении, шатании или даже о резком ударе. Шахоткой могли прозвать непоседливого человека, того, кто «шахается», суетится или ходит вразвалку. Вторая версия, более конкретная: «шахот» — это вариант слова «шахта» или «шахтный», но в значении не горного дела, а старого названия для рудокопа или копателя. В рязанских и тамбовских говорах «шахотник» — рабочий на копях, землекоп. Тогда Шахотка — это либо прозвище такого работника, либо его уменьшительное именование.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «шах» (царь, владыка) — в таком случае Шахотка могло быть прозвищем с пренебрежительным оттенком («маленький шах»). Однако для русской фамильной модели такое сочетание редкость, и диалектное происхождение кажется более надёжным.

Фамилия Шахоткин — редкая. Встречается в основном в центральных областях России, особенно в Тамбовской и Рязанской губерниях, что подтверждает связь с местными говорами и занятиями. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или рабочей среды, где прозвища давали по характеру или ремеслу. Суффикс -ин указывает на то, что фамилия закрепилась в XVI–XVII веках, когда такие модели стали массовыми.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шахов, Шаховской, Шахин — показывает, что Шахоткин стоит особняком: у них основа «шах» (князь, титул), а здесь — народная, бытовая. Вероятно, предки Шахоткиных не имели отношения к знати, а были людьми труда или с яркой, заметной манерой поведения.