Фамилия Шапоткин — редкий пример, когда за основу взято не личное имя, не профессия и не внешность, а предмет обихода, причём с неочевидным значением. В её основе лежит слово «шапот» или «шапоть», которое в русских говорах имело два основных значения. Первое — «узел», «свёрток», «ноша», то есть что-то завязанное в платок или тряпицу. Второе, менее распространённое, — «ветошь», «тряпьё», «лохмотья». Таким образом, прозвище Шапотка могли дать либо человеку, который постоянно носил с собой какой-то узел (например, страннику, торговцу с коробом), либо неряшливо одетому, оборванному человеку.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: к основе «Шапотк-» (где -к- — суффикс субъективной оценки, уменьшительный или пренебрежительный) добавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Шапоткин, то есть сын или потомок Шапотки. Суффикс -ин, а не -ов, типичен для фамилий, образованных от слов мужского рода, оканчивающихся на -а/-я (ср. Пушкин, Ильин, Репин). Это сразу говорит о том, что прозвище Шапотка было активно в обиходе и закрепилось за родоначальником.

В отличие от более частых фамилий Шапошников (от «шапошник» — мастер) или Шапкин (от «шапка»), фамилия Шапоткин имеет не столько профессиональный, сколько бытовой оттенок. Она не связана с головным убором напрямую: «шапот» — это не шапка, а именно узел. По данным региональных словарей, слово «шапот» бытовало в южнорусских и западных говорах. Поэтому географически Шапоткины, скорее всего, происходят из районов бывших Рязанской, Тульской, Калужской или Смоленской губерний, где подобная лексика была в ходу.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянские роды с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах не фиксируются. Фамилия нечастотная, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Шапоткин, велика вероятность, что все носители этой фамилии — потомки одного человека, получившего прозвище Шапотка, и ваша семейная история, скорее всего, завязана на конкретную местность в центре России.