Фамилия Шаховнин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия, а, скорее всего, географическое прозвище. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шаховнин — это «чей-то сын» или «чей-то человек». Но вот от какого слова образована основа — тут возможны два варианта, и оба ведут в разные стороны.

Первый и самый очевидный путь — от названия населённого пункта. В России есть несколько деревень с названием Шахово, Шахова, Шаховка (например, в Тверской, Московской, Нижегородской областях). Жителя такой деревни называли Шаховной (по модели «из Шахова»), а его потомок получал фамилию Шаховнин. То есть предок мог быть крестьянином или однодворцем, переселившимся из Шахова, и фамилия закрепилась за ним как указание на прежнее место жительства. Этот путь — самый частый для фамилий на -ин, образованных от топонимов.

Вторая версия — от прозвища Шаховна. Слово «шах» в русских говорах могло означать не только титул восточного владыки, но и, по некоторым данным, хвастуна, зазнайку или, наоборот, человека, одержимого игрой в шахматы (редкое, но фиксируемое значение). Форма «Шаховна» — это притяжательное прилагательное от «шах» (сравните: «отцова» — «отцовна»). То есть Шаховной могли прозвать дочь или жену человека по прозвищу Шах, а затем это прозвище перешло в фамилию. Однако такой путь (от женского прозвища) встречается реже, чем топонимический.

Словообразовательная модель проста: основа «Шаховн-» + суффикс -ин. Важно, что суффикс здесь не -ов, а именно -ин, что типично для фамилий, образованных от слов женского рода (на -а, -я) или от топонимов, оканчивающихся на -ово/-ево. Если бы предка звали просто Шах, фамилия была бы Шахов. А вот Шаховнин — это уже вторичная форма, «внук того, кто из Шахова» или «сын Шаховны».

Географически фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных и северных областях России — там, где распространены названия на -ово. В дореволюционных переписях Шаховнины фиксировались в основном среди крестьян и мещан, без явной привязки к дворянству. Известных исторических личностей с такой фамилией нет — это типичная «деревенская» фамилия, которая сохранилась благодаря тому, что её носители не покидали родных мест.