Фамилия Шахонин — редкий случай, когда её основа не бросается в глаза, но при внимательном разборе оказывается либо профессиональной, либо географической. Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность, на ответ на вопрос «чей?». Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Шахоня. Что это могло быть?

Самая вероятная версия отсылает к тюркскому слову «шах» — царь, правитель, господин. В русских говорах и в среде татарского, башкирского населения такое прозвище могли дать человеку важному, властному, либо тому, кто служил у знатного лица. Уменьшительный суффикс -оня (как в именах Антон — Антоня, Семён — Семёня) превращал «шаха» в Шахоню — неформальное, бытовое прозвище. Таким образом, Шахонин — буквально «сын Шахони» или «человек из рода Шахони».

Есть и вторая, менее распространённая версия — от гидронима Шахона, названия речки. В бассейне Волги, особенно в Костромской и Нижегородской областях, встречаются реки с похожими названиями (например, Шахна, Шахонка). Тогда Шахонин — тот, кто жил на реке Шахоне, «шхонский житель». Такая топонимическая модель характерна для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин часто образовывались от названий рек и деревень.

С точки зрения словообразования фамилия нестандартна: суффикс -ин присоединён к основе, оканчивающейся на -я, что даёт мягкий звук [н']. В этом её отличие от массовых фамилий вроде Иванов или Петров. Шахонин — фамилия довольно редкая, в списках частотности она не встречается. Если верить данным переписей, её носители в основном сосредоточены в Поволжье (Нижегородская, Кировская области, Татарстан) и на Урале. Это подтверждает обе версии: и тюркское влияние, и местные гидронимы.

Сословная принадлежность предков не очевидна. Скорее всего, это были государственные крестьяне или однодворцы, но не исключено, что в основе лежит прозвище, данное за характер или род занятий. Никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении Шахониных нет — фамилия осталась в народной среде.