Фамилия Шехонин, вероятно, восходит к названию притока Волги - реки Шехонь, ныне называющейся Шексной. Считается, что название Шексна происходит от древних финно-угорских слов: «шох», превратившемся в русском языке в «шек», что означает «осока», и «сна» — «левый приток». Таким образом, название Шексна означает «левый приток, поросший осокой».