Фамилия Шелонин — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа таит в себе сразу несколько возможных объяснений, и выбрать единственное не всегда просто. На первый взгляд, корень «шелон» ассоциируется с рекой Шелонь в Псковской и Новгородской областях, но это лишь одна из версий, причем не самая очевидная для рядового носителя фамилии.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Шелонин — сын Шелони, то есть человека, которого в округе звали прозвищем Шелоня. Такие прозвища в древнерусской традиции давали либо по месту жительства (выходец с реки Шелони), либо по черте характера или внешности. Второй вариант ведет к диалектному слову «шелоник» — так в некоторых говорах называли озорника, шалуна или даже разбойника. Есть и менее распространенная версия: «шелоня» могло быть производным от глагола «шелонить» — качаться, шататься, что давало прозвище неуверенному или нерешительному человеку.

Географическая привязка к реке Шелонь сильна, но не абсолютна. Если предки были выходцами из тех мест, фамилия могла закрепиться за переселенцами, которые ушли на другие земли, но сохранили память о малой родине. Однако в ономастических справочниках фамилия Шелонин встречается не только на северо-западе России, но и в центральных регионах, что говорит в пользу прозвищной версии — «шелоня» как обидное или шутливое прозвище могло возникнуть где угодно.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий XVI–XVII веков: прозвище на «-я» (Шелоня) плюс притяжательный суффикс «-ин». Аналогичным образом образованы фамилии Шилонин, Шевелин, Шебунин. Встречается и вариант Шелонинов — с двойным суффиксом, что иногда путает исследователей, но по сути это та же фамилия, только с более поздним наращением.

Сословной привязки у Шелониных нет: фамилия встречается и среди крестьян, и среди мещан, и в духовенстве. В документах XVIII–XIX веков можно найти Шелониных в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях, что подтверждает ее распространенность вне зоны реки Шелони.