Фамилия Шелонина — женская форма, мужской вариант — Шелонин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шелона. Слово «шелона» в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять, от какого именно пошла фамилия, стоит разобраться в географии и контексте.

Самая вероятная версия выводит прозвище из диалектного «шелоник» — так в Псковской и Новгородской землях называли юго-западный ветер, дующий со стороны реки Шелонь. Шелоной могли прозвать человека, который жил на этой реке, или же того, кто отличался резким, порывистым нравом — «ветреным» характером. Река Шелонь (древнерусское Шелона) протекает в Новгородской и Псковской областях, впадает в озеро Ильмень. Название реки, по одной из гипотез, балтийского происхождения, от корня со значением «течь, литься». Таким образом, фамилия Шелонин могла возникнуть как топонимическая — по месту жительства предка на берегах Шелони.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с диалектным глаголом «шелонить» (в некоторых говорах — шататься, бродить без дела, или, наоборот, наклонять, кренить). В таком случае Шелоной называли человека непоседливого, склонного к праздному шатанию. Хотя эта версия уступает первой по убедительности, потому что глагол малоупотребителен и не зафиксирован в качестве устойчивого прозвища в исторических источниках.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Шелонин). Такие фамилии типичны для северо-запада России, где топонимические прозвища на -ин были особенно распространены. Встречается фамилия Шелонин и в документах XVII века среди новгородских крестьян и псковских посадских людей. Например, в писцовых книгах есть записи о крестьянине Шелонке, жившем в Шелонской пятине — той самой, что получила название от реки. Это косвенно подтверждает связь фамилии с речным именем, а не с бытовым прозвищем.

В целом, носительница фамилии Шелонина может с большой вероятностью считать своими предками людей с северо-запада Руси — новгородцев или псковичей, живших у реки Шелонь или на землях, которые называли по этой реке.