Фамилия Шелонников не самая распространённая, но её происхождение прослеживается довольно чётко, и оно напрямую связано с географией. В основе лежит название реки Шелонь, протекающей в Псковской и Новгородской областях и впадающей в озеро Ильмень. Человек, живший на этой реке или выходец оттуда, получал прозвище Шелонник — «тот, кто с Шелони». Суффикс -ник в таких прозвищах типичен для обозначения жителя по местности (сравните: москвич — москвитянин, но «тверяк» и «тверянин»; «шелонник» звучит как «житель берегов Шелони»).

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Шелонник + -ов. Суффикс -ов указывает на принадлежность: буквально «сын Шелонника». Таким образом, первый носитель фамилии — потомок человека, которого прозвали по месту жительства или происхождения. Важно, что это не ремесленная и не профессиональная фамилия, а чисто топонимическая.

В ономастике есть спорный момент: могло ли слово «шелонник» быть не только прозвищем, но и названием какого-либо предмета или явления? В говорах встречается слово «шелонник» — так называли юго-западный ветер, дующий с реки Шелонь на Ильмене. Однако версия с ветром менее вероятна для прозвища. Обычно такие названия ветров (шелонник, обедник) не становились личными прозвищами в крестьянской среде, а если и становились, то крайне редко и скорее как шутливое именование метеозависимого человека. Основная и самая правдоподобная версия — именно река.

География фамилии подтверждает эту версию. Основные очаги бытования Шелонниковых — Новгородская, Псковская и Ленинградская области, то есть историческая Новгородская земля. Встречается фамилия и на Урале, куда новгородцы активно переселялись в XV–XVII веках. Это типичная севернорусская фамилия с суффиксом -ов, без диалектных окончаний на -их или -ских.

Сословно Шелонниковы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже говорит в пользу «речного» происхождения от простого прозвища. Фамилия не имеет отношения к церковным именам или иноязычным заимствованиям — она исконно русская, и её носитель с большой вероятностью происходит из новгородских или псковских земель.