Фамилия Шелойникова — женская форма фамилии Шелойников, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Сама же фамилия Шелойников — яркий пример прозвищной фамилии, образованной по модели «прозвище + суффикс -ов». Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Шелойников, то есть сын или потомок Шелойника.

Корень здесь — «шел-», который может отсылать к двум разным, но одинаково вероятным источникам. Первый и самый распространённый в русской ономастике — связь с глаголом «шел» (прошедшая форма от «идти»). В старину прозвище Шело́йник или Шело́йка могли дать человеку, который много ходил, странствовал, был скороходом или, наоборот, медлительным и неуклюжим в движении. Вторая версия — диалектная. В северных и сибирских говорах «шелойник» — это невысокий, сухой и крепкий человек, возможно, с резкими чертами лица. В этом случае прозвище описывало внешность, а не поведение.

Фамилия Шелойников (и Шелойникова) — редкая. Она почти не встречается в центральных областях России, но имеет устойчивый след в старых переписях Урала и Сибири. Это не случайно: именно в этих регионах, куда в XVII–XVIII веках уходили за Урал крестьяне и промышленные люди, сохранялись диалектные слова, утраченные в средней полосе. Носитель фамилии мог быть потомком «шелойника» — либо бывалого ходока, либо крепыша с характерной внешностью.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду таких же прозвищных фамилий, как Шеломов, Шелехов, Шелковников. Но если у Шеломова основа — «шелом» (шлем), а у Шелехова — диалектное «шелех» (сучок, заноза), то Шелойников стоит особняком: суффикс -ник в прозвище (Шелойник) указывает на лицо, характеризуемое по действию или признаку. Это не просто «тот, кто шёл», а «тот, кто постоянно ходит», «странник» или «ходячий человек». Такая модель характерна для русских прозвищ XVII века.

Встречается вариант написания Шелайникова, но он вторичен и возник, скорее всего, из-за аканья (произношения «а» вместо «о» в безударной позиции). Исторически правильная форма — через «о», что подтверждается ударением: Шело́йников.