Фамилия Шехонин происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Шехонин, вероятно, восходит к названию притока Волги - реки Шехонь, ныне называющейся Шексной. Считается, что название Шексна происходит от древних финно-угорских слов: «шох», превратившемся в русском языке в «шек», что означает «осока», и «сна» — «левый приток». Таким образом, название Шексна означает «левый приток, поросший осокой». В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Шехонин, со временем получил фамилию Шехонин. О точном месте и времени возникновения фамилии Шехонин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шехонин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.