Фамилия Шахудина — женская форма мужской фамилии Шахудин, которая встречается преимущественно на Кавказе и в Поволжье. Её основа — мусульманское имя Шахудин, распространённое у татар, башкир, кумыков, чеченцев и других народов, исповедующих ислам. Имя это составное: первая часть «шах» восходит к персидскому «царь, правитель», вторая — «дин» (араб. «вера, религия»). В сумме Шахудин означает «царь веры» или «господин религии» — типичный для исламской ономастики комплиментарный антропоним с религиозным оттенком.

Модель образования проста: к основе Шахудин прибавили русский патронимический суффикс -ин, который в тюркоязычной среде часто служил для русификации фамилий. В отличие от фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин указывает на принадлежность к лицу, чьё имя оканчивается на согласный или -а/-я. Поэтому Шахудина — буквально «дочь или жена Шахудина». В русском делопроизводстве XIX–XX веков такие фамилии фиксировались в метрических книгах мечетей и уездных переписях, особенно в Казанской, Уфимской и Оренбургской губерниях, где жили татары и башкиры.

Интересная деталь: фамилия Шахудина встречается реже, чем однокоренные Шахуров или Шахунов, потому что имя Шахудин менее распространено, чем, скажем, Шахур или Шахун. Встречаются варианты написания с ударением на последний слог (Шахудина́) или на второй (Шаху́дина) — это зависит от местного говора и традиции произношения.

Социальный контекст: носители фамилии Шахудина в основном происходят из крестьянской или ремесленной среды, но само имя Шахудин могло даваться в семьях с уважением к религиозным знаниям — его нередко носили муллы и их дети. Таким образом, предки современных Шахудиных могли быть как простыми земледельцами, так и грамотными служителями культа.

Спорных версий происхождения почти нет: основа прозрачна, а суффикс типичен. Единственное, что можно оговорить — в редких случаях фамилию могли записать от прозвища Шахуда (например, от тюркского «шах» + «уда» — «царь удачи»), но это менее вероятно, так как имя Шахудин хорошо документировано в мусульманских именословах.