Фамилия Шакирханова — один из тех случаев, когда семейное имя напрямую указывает на мусульманское происхождение и содержит в себе сразу два арабских корня. В основе лежит составное личное имя Шакирхан, где первая часть — «Шакир» (от арабского «шакир» — благодарный, признательный), а вторая — «хан» (тюркский титул, означающий правителя, повелителя). В именах такой тип сложения (арабское имя + тюркский титул) встречается часто и подчёркивает высокий статус или уважение к носителю.

Суффикс «-ова» указывает на принадлежность к роду: Шакирханова — это «дочь или жена Шакирхана». Женская форма фамилии, как и мужская Шакирханов, образована по русской модели, что типично для народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, где в XIX–XX веках под влиянием Российской империи закрепились патронимические фамилии с русскими окончаниями. У татар, башкир, азербайджанцев и народов Дагестана такие фамилии — обычное дело.

Географически фамилия Шакирханова чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, а также среди кавказских народов (особенно у лезгин и аварцев). Встречаются варианты написания с одной буквой «к» — Шакиханова, но это скорее опечатка или упрощение при записи в советских паспортах. В документах XIX века, например в метрических книгах Оренбургской губернии, можно найти записи «Шакирханов сын», что подтверждает именно такую форму.

Редкость фамилии в том, что имя Шакирхан само по себе не было широко распространённым — чаще встречались отдельно Шакир или отдельно Хан. Поэтому носители фамилии Шакирханова, скорее всего, происходят от одного конкретного предка, которого звали именно так — возможно, уважаемого старейшины или духовного лица. В отличие от фамилий типа Шакиров (от простого Шакир), здесь чувствуется попытка подчеркнуть двойное достоинство: и благодарность, и власть.