Фамилия Шаклунов — из числа тех, где корень не бросается в глаза сразу, но при внимательном взгляде открывает целый пласт севернорусской лексики. Основа — «шаклун» или «шаклун». В архангельских и вологодских говорах так называли шалуна, проказника, озорника. Слово родственно диалектному глаголу «шакать» — то есть шалить, дурачиться, делать что-то несерьёзное. Прозвище Шаклун могли дать непоседливому, бойкому человеку, который любил подшутить или не сидел на месте.

Модель образования здесь стандартная для русских фамилий: к основе на твёрдый согласный добавляется суффикс -ов. Получается Шаклунов — буквально «сын Шаклуна» или «из рода Шаклуна». Суффикс указывает на патронимическое происхождение, типичное для крестьянской и мещанской среды центральной и северной России. Фамилия не дворянская, не искусственная — она выросла из бытового прозвища, которое закрепилось за главой семьи.

Интересно, что у «шаклуна» есть и другой оттенок. В некоторых северных диалектах так могли назвать человека, который «шакает» — то есть говорит невнятно, картавит или шепелявит. Этот смысл встречается реже, но полностью исключать его нельзя: прозвища часто строились на особенностях речи. В любом случае, обе версии ведут в один регион — Русский Север, где фамилия Шаклунов встречается и сегодня, особенно в Архангельской области и в бывших северных уездах Вологодчины.

В ономастических справочниках фамилия не относится к числу широко распространённых. Она не попала, например, в словарь Б. Унбегауна, что говорит о её локальном характере. Сравнение с однокоренными — Шакин, Шакшин, Шаклов — показывает, что все они держатся на северо-западе России и редко встречаются за Уралом. Шаклуновы, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, которые получили прозвище за живой нрав или говорливый язык.