Фамилия Шакшинов — редкий пример, где прозвище образовано от прилагательного, а не от существительного или имени. Основа «шакшин» восходит к слову «шакша» — так в ряде русских говоров, особенно на северо-западе и в Сибири, называли человека с изъяном речи: картавого, шепелявого, того, кто говорит невнятно или «шакает». Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Шакшин — сын Шакши, то есть прозвище закрепилось за отцом, а потом перешло к потомкам.

Интересно, что слово «шакша» в диалектах имело и другое значение — так могли назвать суетливого, беспокойного человека, «ерша». Какая из версий верна для конкретной семьи, сказать сложно, но обе укладываются в логику русских прозвищ, которые часто давали по заметной особенности поведения или речи.

Географически фамилия Шакшинов тяготеет к Поволжью и Уралу. Встречается она в документах XIX века среди государственных крестьян Казанской и Вятской губерний. В этих краях «шакша» как диалектное слово было в ходу, поэтому версия с прозвищем от говора — самая правдоподобная. Альтернативное объяснение через тюркские языки (например, башкирское «шакша» — «щепка») менее убедительно: суффикс «-ин» и характер окончания выдают чисто русскую модель образования.

В современной России фамилия остаётся редкой. Её носители — это потомки крестьян, получивших фамилию по прозвищу предка. Никаких дворянских корней или громких исторических личностей за ней не числится, что для массовой русской фамилии скорее норма, чем исключение.