Фамилия Шакшин образована от прозвища Шакша, которое восходит к аналогичному русскому нарицательному. Шакшей называют дерюжный шалаш на лодке для бурлаков, строение на лодке или кухню. Возможно, что прозвище Шакша получил человек, который жил в таком строении на лодке. Также слово «шакша» имеет значение «ягель на пне дерева, свисающий космами». В этом случае можно предположить, что прозвище Шакша указывало на внешние особенности предка. Вполне вероятно, что он носил большую косматую бороду, напоминающую мох. Так и прозвище Шакша закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шакшин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шакша, со временем получил фамилию Шакшин.