Фамилия Шалафаненко — яркий пример восточнославянской модели образования фамилий с помощью суффикса -енко. Этот суффикс, характерный прежде всего для Украины, указывает на происхождение: «сын такого-то» или «потомок». Шалафаненко — буквально «сын Шалафана». В основе фамилии лежит прозвище Шалафан, которое и стало семейным именем.

Корень «шалафан» — тёмный и редкий. Самая вероятная версия связывает его с диалектным словом «шалапан» (или «шалапут»), которое в южнорусских и украинских говорах означало нерадивого, бестолкового человека, разиню или ротозея. Сравните с современным украинским «шалапутний» — легкомысленный, ветреный. Менее убедительна версия о связи с тюркским «шала» (левша) или с польским «szałaput» (сорвиголова), но они не объясняют характерный переход «п» в «ф». Скорее всего, «Шалафан» — это фонетический вариант «Шалапана», где произошло оглушение и замена звука, что часто случалось в народной речи.

География фамилии Шалафаненко сосредоточена в центральных и восточных областях Украины, а также в прилегающих регионах России. Фамилия не является распространённой, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, от прозвища одного человека, которое закрепилось за его потомками в конкретном селе или хуторе.

Если отбросить ироничный оттенок прозвища, то предок-носитель фамилии мог быть человеком, которого в округе считали чудаковатым или не слишком расторопным. Впрочем, прозвища часто давались «от противного» или закрепляли за человеком какую-то одну, бросавшуюся в глаза черту, не обязательно главную. Со временем прозвище утратило первоначальный смысл и стало просто родовым именем.

Таким образом, фамилия Шалафаненко — это украинская по форме фамилия, образованная от редкого прозвища с неоднозначной, но скорее всего диалектной основой, связанной с характеристикой человека.