Фамилия Шалекенов — тюркская по происхождению, и её разбор сразу уводит нас в казахскую (или близкую к ней) ономастику. Это не случайность: основа здесь — личное имя Шалекен, которое образовано по модели, типичной для казахского языка: корень + уменьшительно-ласкательный суффикс -екен (вариант -кен). Русский патронимический суффикс -ов добавился уже при оформлении фамилии в документах Российской империи, когда кочевое население получало русские фамильные окончания.

Корень «шал» в тюркских языках многозначен. Самое вероятное значение — «старик», «аксакал», «мудрый старец». В казахском слово «шал» означает именно пожилого мужчину, уважаемого человека. Тогда Шалекен — это ласкательная форма: «старичок», «дедушка» (почти как русское «дедок»). Прозвище могли дать либо самому старшему в роду, либо ребёнку, который родился, когда отец или дед были уже в возрасте. Вторая версия, менее распространённая, связывает «шал» с диалектным значением «лысый» или «плешивый» — тогда прозвище описывало внешность.

Фамилия Шалекенов почти не встречается за пределами Казахстана и приграничных регионов России (Астраханская, Оренбургская области). Это редкая фамилия: её носители — потомки выходцев из Младшего или Среднего жуза, где подобные имена-прозвища были обычны. Примечательно, что в русских метрических книгах XIX века фамилию могли записать и как Шалекен, и как Шалекенов — окончание -ов закрепилось не сразу.

С точки зрения словообразования фамилия необычна тем, что сохранила тюркский уменьшительный суффикет -екен, который редко встречается в русских фамилиях тюркского происхождения. Обычно такие имена русифицировались через -бай, -бек, -тай, а тут — редкий случай с «живым» суффиксом. Если сравнивать с однокоренными: Шалеев, Шалин, Шалабаев — все они восходят к тому же корню «шал», но образованы по-разному. Шалекенов стоит особняком как наиболее архаичная форма, напрямую передающая народное прозвище.