Фамилия Шалганова — женская форма фамилии Шалганов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Шалган. Самая вероятная основа — тюркское слово «шалган» (репа, иногда брюква). В диалектах сибирских татар и башкир это слово означает «репа», а в переносном смысле могло закрепиться за человеком круглым, коренастым или упрямым, как этот корнеплод. Версия с репой — не гастрономическая шутка, а типичная для русской и тюркской ономастики модель: прозвища по овощам (Редька, Репнин, Брюква) давали за внешность или характер.

Фамилия оканчивается на -ов, что указывает на её происхождение в центральной России или Поволжье, где эта модель была основной. В отличие от украинских или польских фамилий на -енко или -ский, суффикс -ов в Шалганове просто присоединяет притяжательное значение: «чей?» — Шалганов, то есть сын или потомок Шалгана. Мужская форма Шалганов встречается в основном в двух регионах: в Башкортостане (что логично, учитывая близость башкирского языка) и в Ростовской области. Разброс неслучаен — это зона активных контактов русских с тюркскими народами.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным русским глаголом «шалгать» (шататься, болтаться без дела, иногда — шалить). В таком случае Шалган — прозвище непоседы или озорника. Но эта гипотеза слабее: глагол редкий, локальный (зафиксирован в рязанских говорах), и не дал массовых фамилий. Тюркский корень надёжнее.

С социальной точки зрения, Шалгановы — скорее всего, крестьянский род. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах и не попала в список «столбовых» (древних дворянских) фамилий. Носители, вероятно, были государственными или помещичьими крестьянами, возможно, переселенцами из центральных губерний на Урал и в Прикамье в XVII–XVIII веках. Известных публичных персон с фамилией Шалганов (или Шалганова) в истории нет — это фамилия негромкая, бытовая, что только подтверждает её народное происхождение.