Фамилия Шалганов образована от прозвища или нецерковного имени Шалган. Основа фамилии — тюркского происхождения, от слова «шалган» (в некоторых тюркских языках — «репа», «брюква»). В русских говорах это слово могло закрепиться как прозвище коренастого, приземистого человека или того, кто занимался огородничеством, выращивал корнеплоды. Вторая, менее вероятная версия, связывает основу с диалектным глаголом «шалгать» — шататься, бродить без дела, но в таком случае фамилия писалась бы через «а» в корне иначе (Шалганов от «шалгать» дало бы значение «бездельник» или «шатун», что тоже возможно, но уступает по частотности первой гипотезе).

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «сын Шалгана», то есть потомок человека с таким прозвищем. Такая модель преобладает в северных и центральных областях России, но географически фамилия Шалганов чаще встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где исторически сильны тюркские языковые влияния. В этих местах слово «шалган» (репа) было в ходу у местных народов, а русские переселенцы могли перенять его как прозвище или фамильное имя.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Шалганов стоит в одном ряду с Шалгиным, Шалгачёвым и Шалгаевым, но отличается более прозрачной тюркской основой. В отличие от фамилий на -ин, которые часто образованы от женских прозвищ или прилагательных, -ов указывает на прямое отчество от мужского прозвища. Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей, так как прозвища, связанные с огородными культурами, редко давали знати. Сословных данных по фамилии Шалганов в открытых источниках немного, но в переписях XIX века её фиксировали у государственных крестьян Казанской и Вятской губерний.

Спорных моментов в этимологии немного: основной вопрос — насколько точно тюркское слово сохранило звучание в русской среде. Если бы фамилия возникла в южнорусских говорах, где «шалган» могло означать «сорная трава», смысл прозвища сместился бы в сторону неодобрительного. Но преобладание фамилии в районах, где репа была традиционной культурой, склоняет к нейтральному или даже хозяйственному значению.