Фамилия Шалган — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от множества фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён, Шалган не даёт очевидной отсылки к православному святцу. Скорее всего, в её основе лежит прозвище или мирское имя.

Самое вероятное объяснение — связь с тюркским словом «шалган» (или «чалкан»), которое в ряде тюркских языков означает «брюква» или «репа». Прозвище Шалган могли дать коренастому, плотному человеку либо огороднику, который славился урожаем этого корнеплода. В Сибири и на Урале, где контакт с тюркскими народами был постоянным, такие прозвища переходили в фамилии без изменений. Модель образования здесь простейшая: прозвище стало фамилией без добавления суффикса — так называемые «нулевые» фамилии, характерные для украинской и южнорусской традиции, но встречающиеся и в северных говорах.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от древнерусского глагола «шалгать» (шататься, бродить без дела). В этом случае Шалган — человек шаткий, неустойчивый в поведении. Однако эта гипотеза слабее, потому что глагол редок и не дал массовых прозвищ.

Географически фамилия Шалган тяготеет к югу России и Украине. В дореволюционных переписях она фиксировалась в Харьковской и Екатеринославской губерниях, что косвенно подтверждает связь с тюркским корнем: в этих местах было сильно влияние татарской и ногайской лексики. Встречается она и у казаков — как запорожских, так и донских, где прозвища часто закреплялись без изменений.

С суффиксальной точки зрения фамилия Шалган стоит особняком. Если бы она образовалась в центральной России, её бы «обрусили» суффиксом -ов (Шалганов). Отсутствие суффикса — признак того, что фамилия сложилась либо на окраинах государства, либо в среде, где письменная фиксация шла «на слух» и без переделки на великорусский лад.

Известных носителей фамилии в истории немного, что типично для редких прозвищных фамилий. Встречаются Шалганы среди крестьян-переселенцев XIX века, уходивших в Сибирь: в метрических книгах Тобольской губернии можно найти записи о семьях с этой фамилией, что подтверждает её «низовое», недворянское происхождение.