Фамилия Шалаганова — женская форма, а исходная, мужская — Шалаганов. Это типичная русская фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -ов, который в древнерусской традиции означал «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». Основа фамилии — прозвище Шалаган.

Корень здесь — слово «шалаган», которое в русских говорах имело несколько значений. Чаще всего так называли шумного, крикливого человека, забияку или скандалиста. В некоторых диалектах «шалаган» означал также шалуна, проказника, того, кто «шалит», то есть балуется или озорничает. Таким образом, прозвище давалось по характеру или поведению: предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком бойким, неспокойным, любившим поспорить или покричать.

Менее распространённая, но возможная версия связывает прозвище с тюркскими языками, где «шала» может означать «серый» или «пегий», а «хан» — титул. Однако для фамилии Шалаганов, бытующей преимущественно в русской среде, особенно в казачьих и южнорусских областях, более правдоподобно славянское происхождение от диалектного слова. В пользу этого говорит и характерный суффикс -ан, который в русском языке часто придаёт слову оттенок грубоватости или просторечия (ср. «буян», «гулян»).

Обратите внимание на ударение: в фамилии Шалаганов оно, как правило, падает на последний слог — Шалага́нов. Это отличает её от некоторых однокоренных фамилий (например, Ша́лагин), где ударение смещено на корень. Географически фамилия встречается в Волгоградской, Ростовской областях и на Северном Кавказе, что косвенно подтверждает её связь с донскими и кубанскими говорами, где слово «шалаган» было в ходу.

Сословно фамилия не указывает на какое-то привилегированное происхождение. Как и большинство русских фамилий на -ов, она могла принадлежать и крестьянам, и мещанам, и казакам. Никаких документальных свидетельств о дворянском роде Шалагановых не обнаружено, так что перед нами типичная фамилия-прозвище, закрепившаяся за родом по характерной черте первого носителя.