Фамилия Шалагтнова — редкий случай, когда написание почти наверняка искажено при записи. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Шалагинова, где буква «т» вклинилась случайно: из-за особенностей произношения или почерка писаря. Если же это не ошибка, то перед нами уникальная фамилия с неясной этимологией, но разумнее исходить из версии с опечаткой.

Исходная форма — Шалагинов. Она образована по стандартной русской модели: от прозвища или имени Шалага с помощью патронимического суффикса -ин (чей? — сын Шалаги). Суффикс -ов тут был бы ожидаемее, но -ин встречается у фамилий, образованных от основ на -а, -я, что и подтверждает разбор.

Основа «шалага» в русских говорах имеет несколько значений. Самое вероятное — «шалаш, временное жильё», особенно в северных и сибирских диалектах. Прозвище Шалага могли дать человеку, который жил в шалаше, строил их или был бедным бездомным. В словаре Владимира Даля «шалага» — это ещё и «неповоротливый, вялый человек», а также «мелкая рыба» (разновидность плотвы). В ономастике известна фамилия Шалагин, а Шалагинов — её более редкая полная форма, указывающая на происхождение от отчества Шалагин сын.

Географически фамилия Шалагинов тяготеет к Поволжью и Уралу, где диалектное слово «шалага» было в ходу. Носительница фамилии Шалагтнова, скорее всего, из тех мест, где писарь на слух записал фамилию с лишней буквой. Исправить написание на Шалагинова — значит восстановить историческую справедливость, но и в нынешнем виде фамилия остаётся редким свидетельством живой народной речи.