Фамилия Шалгунова — женская форма мужской фамилии Шалгунов. В центре внимания здесь необычная основа, которая сразу заставляет искать её корни в тюркских языках или в местных говорах. Вероятнее всего, в основе лежит слово «шалгун» — так в ряде тюркских наречий называют редьку или редис, то есть корнеплод. Прозвище Шалгун могли дать человеку либо за любовь к этой пище, либо, что правдоподобнее, за внешнее сходство: круглолицему, коренастому, с румяными щеками. В русских говорах встречается и слово «шалган» с тем же значением, но фамилия закрепилась именно в форме с «у».

Модель образования типична для русской ономастики: суффикс -ов присоединился к прозвищу, указывая на принадлежность («чей?» — Шалгунов сын). Фамилия не дворянская, а крестьянская или мещанская, что подтверждается её привязкой к бытовому, а не церковному имени. Встречается она преимущественно на юге России и в Поволжье — зонах активных контактов с тюркским населением. В документах XVII–XVIII веков могли фиксировать варианты «Шалганов» или «Шалгунов», но современное написание стабилизировалось.

Интересная деталь: в отличие от фамилий, образованных от ремёсел или профессий (Кузнецов, Плотников), Шалгунова отсылает не к занятию, а к бытовому прозвищу. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был заметен в своей среде не мастерством, а какой-то яркой чертой — скорее всего, внешностью. Вторая, менее вероятная версия связывает «шалгун» с диалектным глаголом «шалганить» (озорничать, проказничать), но она слабее, так как такого слова нет в авторитетных словарях русских говоров. Поэтому основная гипотеза — «редисочное» прозвище — остаётся самой правдоподобной.