Фамилия Шалгун — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, она не имеет стандартного патронимического суффикса и оканчивается на согласный. Это сразу указывает на то, что перед нами, скорее всего, не великорусская фамилия в классическом понимании, а заимствованная или возникшая на окраинах государства.

Вероятнее всего, Шалгун — это русифицированная форма тюркской или кавказской фамилии. Основа «шал» в тюркских языках означает «седой», «старый» или «седая борода», а «гун» — суффикс, образующий прилагательные или существительные. Таким образом, Шалгун могло быть прозвищем седобородого, уважаемого старца. Другая версия отсылает к чеченскому или ингушскому языку, где «шал» — это «место», «площадь», а «гун» — принадлежность к чему-либо. В этом случае прозвище могло означать «человек с площади» или «житель определённой местности».

Нельзя исключать и менее распространённую версию: фамилия могла возникнуть от календарного имени, но адаптированного в иноязычной среде. Например, от имени Шалва (грузинское) или от арабского Шариф, прошедшего через фонетические изменения в тюркской среде. Однако для фамилии Шалгун такая цепочка менее убедительна, чем прямая связь с прозвищем по внешнему признаку.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам России, Поволжью, Северному Кавказу, а также к Закавказью. Встречается она и в среде донских казаков, где исторически оседали выходцы с Кавказа и тюркские народы. Это значит, что предки носителя фамилии Шалгун с высокой вероятностью были не коренными великороссами, а представителями одного из тюркских или кавказских народов, которые со временем обрусели и получили фамилию в том виде, в каком её записали русские писцы.

Словообразовательная модель здесь проста: основа-прозвище стала фамилией без дополнительных русских суффиксов. Такое явление характерно для фамилий, которые оформлялись в среде, где русский язык был не родным, а административным. Поэтому искать в фамилии Шалгун древнерусский корень не стоит — её сила в том, что она хранит память о языке и обычаях предков-степняков или горцев.