Фамилия Шалпегина — женская форма фамилии Шалпегин, и её происхождение стоит искать в основе мужского варианта. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Шалпегин — «сын Шалпеги» или «человек из семьи Шалпеги». Основа же — прозвище Шалпега — звучит необычно и требует разбора.

Скорее всего, в основе лежит диалектное слово. В русских говорах, особенно северных и сибирских, известен глагол «шалпить» — «шалить, проказничать, дурачиться». От него могли образовать прозвище Шалпега — «шалун, озорник, непоседа». Суффикс -ег-/-ега в русских прозвищах встречается (сравните: «бродяга», «растяпа», «гуляка») и придаёт слову оттенок просторечия и пренебрежения. Таким образом, родоначальник Шалпегиных мог получить прозвище за живой, непоседливый нрав.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках есть слово «шал» — «седой, старый» или «шала» — «кривой, косой». Но сочетание «шалпега» для тюркского языка нехарактерно, а окончание -ега — чисто славянский суффикс. Поэтому версия с русским диалектным «шалпить» выглядит правдоподобнее.

Фамилия редкая. Встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где говорят на северном наречии. В дореволюционных переписях и метрических книгах фамилия Шалпегин фиксируется именно в этих краях, что косвенно подтверждает её севернорусское происхождение.

Социальный статус носителей, судя по архивным записям, чаще всего был крестьянским или мещанским. Фамилия не принадлежала к дворянским родам и не попала в «Бархатную книгу». Её носители — потомки тех, кто жил в деревнях и сёлах Русского Севера, и их прозвище, скорее всего, было дано по характеру, а не по ремеслу.