Фамилия Шалпегтина — одна из тех, где необычное звучание сразу привлекает внимание и заставляет задуматься о происхождении. Чтобы разобраться, нужно в первую очередь посмотреть на её окончание и суффикс. Это женская форма фамилии Шалпегтин. Типичный русский суффикс -ин указывает на принадлежность: Шалпегтин — это «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Шалпегта. Сама основа фамилии, скорее всего, имеет тюркские корни, что характерно для фамилий, возникших в Поволжье, на Урале или в Сибири, где веками жили рядом русские и тюркские народы.

Корень «шал-» в тюркских языках часто означает «седой», «с проседью», «пожилой» или «почтенный». Вторая часть — «-пегт-» — может быть искажённым вариантом слова «бек» (князь, господин) или «бай» (богач, хозяин). Таким образом, прозвище Шалпегта могло означать «седой (уважаемый) господин» или «седой бек». Подобные составные прозвища давали не столько за внешность, сколько за положение в общине: старейшина, уважаемый человек, возможно, из местной знати.

Модель образования фамилии — от прозвища через притяжательное прилагательное — типична для крестьянской и мещанской среды XVI–XIX веков. Фамилия не получила распространения «дворянского» суффикса -ский, что говорит о её простонародном, скорее всего, сельском происхождении. Встречается она крайне редко: по открытым данным, носители фамилии Шалпегтины исторически жили в Пермской губернии и на юге Западной Сибири — в районах активных контактов русских с башкирами, татарами и казахами.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шалбаев, Шалгин, Шалымов) подтверждает, что основа «шал-» в русских фамилиях почти всегда указывает на тюркское заимствование. Вариант написания через «е» (Шалпегтин, а не Шалпектин или Шалбегтин) — скорее всего, результат адаптации тюркского звучания к русской фонетике при записи в церковных книгах или при переписи. Нередко такие фамилии фиксировались «на слух», отсюда и редкая, почти уникальная форма.