Фамилия Шалпегин образована от прозвища Шалпега. Вероятно, в его основе лежит общетюркский корень «шалп-» - «обвислый; обмякший, поникший; слабый, вялый; медленный». В киргизском языке есть похожие слова: «шалпы» - «говорить несдержанно, употребляя ругательства», «шалпый» - «ослабевать, изнуряться». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Шалпега получил человек со слабым здоровьем или несдержанным характером. Русский суффикс -ега указывает на то, что фамилия Шалпегин возникла на русской земле. Возможно, тюркский корень пришел через мордовский или чувашский язык: эти народы были своеобразным «буфером» между тюркоязычным и русскоязычным миром, поэтому испытали сильное влияние разных языков. Таким образом, потомок человека, которого звали Шалпега, со временем получил фамилию Шалпегин.