Фамилия Шалегина — женская форма фамилии Шалегин, которая образована по продуктивной модели на -ин. Это означает, что в основе лежит прозвище или имя, оканчивающееся на -а или -я: от него отняли окончание и прибавили суффикс принадлежности. Шалегин — буквально «сын или потомок Шалеги», а Шалега — исходное прозвище.

Корень «шал-» в русских говорах многозначен. В северных и сибирских диалектах «шала» или «шалей» — это не только шаль, платок, но и шалун, баловник, озорник. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «шалить» — дурить, проказничать. Поэтому первую версию связываем с характером: Шалегой могли прозвать живого, непоседливого человека, который «шалит». Вторая версия — профессиональная: в некоторых говорах «шалега» — это нечто кривое, косое, например, кривое дерево или бревно. Такое прозвище мог получить плотник или столяр, работавший с кривыми заготовками, либо человек с заметной физической особенностью (сутулость, хромота).

Третья, менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским корнем «шала» (левый, неправильный). В приграничных с тюркскими народами регионах такое прозвище могло закрепиться за человеком, который не вписывался в местные обычаи или был левшой. Однако для фамилии Шалегин более органично выглядит славянская диалектная основа.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия закрепилась в основном в северных, центральных и поволжских регионах России, где такая патронимическая модель была особенно распространена. Встречаемость фамилии Шалегин невысока, что говорит о её локальном происхождении: вероятно, родоначальник был известен в пределах одной волости или деревни. Сословного барьера у фамилии не было — её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство, если прозвище давалось по бытовой черте.

Таким образом, предки Шалегиных с большой вероятностью жили в северной или центральной России, а их фамилия пошла либо от прозвища бойкого человека, либо от прозвища мастера, работавшего с кривым деревом. Исходное слово «шалега» в современном языке почти утрачено, но сохранилось в ономастике.