Фамилия Шлегина — женская форма фамилии Шлегин. В русской традиции фамилии на -ин чаще всего образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывают на принадлежность: «чей?» — «Шлегин» значит «сын Шлеги» или «человек из семьи Шлеги». Соответственно, ключ к происхождению — в прозвище или имени Шлега.

Самой правдоподобной выглядит версия, связывающая основу с диалектным словом «шлега» или «шляга». В северных и сибирских говорах так называли длинный шест, жердь, багор — то, чем опираются при ходьбе по топкой земле или пользуются на реке. Прозвище Шлега могли дать человеку высокому и худому (по ассоциации с жердью) либо тому, кто работал с такими шестами — например, плотовщику, сплавщику леса или рыбаку. В этом случае фамилия Шлегин — профессиональная, указывающая на занятие предка.

Менее распространённая, но возможная версия — отчество от нецерковного имени Шлега. В дохристианской Руси имена, образованные от орудий труда (Топор, Молот, Копьё), встречались, хотя и редко. Имя Шлега могло даваться ребёнку как оберег или по внешнему признаку. Однако документальных подтверждений бытования такого имени в исторических источниках нет, поэтому профессиональная версия выглядит убедительнее.

Фамилия Шлегин — довольно редкая. По данным переписей и телефонных справочников, её носители встречаются в основном в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает связь с северными диалектами. Встречается также вариант Шлягин, который мог возникнуть из-за акающего произношения или путаницы при записи фамилии в документах.

Однокоренные фамилии — Шлегов, Шлеганов, Шлегинский — образованы от той же основы, но с разными суффиксами, что говорит об устойчивой корневой базе в разных регионах. Сословной принадлежности у фамилии нет: Шлегины встречались и среди крестьян, и среди мещан, и в духовенстве.