Фамилия Шелегина — женская форма, а мужская, соответственно, Шелегин. При разборе этой фамилии сразу обращает на себя внимание суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — «шелегин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Шелега. Модель образования типична для центральной и северной России, где -ин так же распространён, как -ов на юге.

Корень фамилии — «шелег-». Самая вероятная версия связывает его со словом «шелег» (или «шеляг»). В старину так называли мелкую монету, грош, а в переносном смысле — человека незначительного, бедного, или, наоборот, скрягу, который считает каждую копейку. Прозвище Шелега могли дать либо бедняку, либо тому, кто торговал по мелочам, менял деньги. Менее распространённая гипотеза возводит основу к глаголу «шелегать» (ходить вразвалку, прихрамывать), но она слабее, так как в говорах фиксируется именно «шелег» как денежная единица.

Географически фамилия Шелегин не является массовой, но встречается в разных регионах, что говорит о её древнем происхождении. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с таким прозвищем. Например, в документах по Новгороду и Вологде встречаются «Шелеги» — это подтверждает, что прозвище бытовало в среде свободных, но незнатных людей.

Интересно, что фамилия Шелегин может иметь и диалектный оттенок. В некоторых русских говорах «шелегой» называли не только монету, но и засохшую ветку, хворостину. В этом случае прозвище могло достаться высокому и худому человеку. Таким образом, перед нами не одна, а две возможных характеристики предка: либо «мелкий, скупой», либо «длинный и тощий».

Сословно Шелегины, скорее всего, происходят из крестьян или мещан. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано, а значит, корни у неё самые народные, без привязки к титулованным родам.