Фамилия Шелегова — женская форма, а её мужской вариант Шелегов. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Шелег. Что оно означало — вопрос, на который у этимологов нет однозначного ответа, но есть несколько убедительных версий.

Самая вероятная отсылает к слову «шелег» — так в южнорусских и украинских говорах называли мелкую монету, грош. Прозвище Шелег могли дать человеку прижимистому, расчётливому, либо, наоборот, тому, кто постоянно был без денег, «ни шелега за душой». В этом случае фамилия попадает в обширный ряд «денежных» прозвищ (Грошов, Денежкин, Алтынов), где характеристика давалась по отношению к деньгам или имуществу.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с украинским словом «шелега» (или «шелегів»), означающим вид дикой утки, чирка-трескунка. Тогда прозвище могло принадлежать охотнику или человеку, чем-то напоминавшему эту птицу — например, невысокому и юркому. Однако эта гипотеза слабее, так как «денежное» значение слова «шелег» зафиксировано шире и встречается в разных регионах.

Суффикс -ов указывает на типичную восточнославянскую модель образования фамилий: Шелег → сын Шелега → Шелегов. Такие фамилии в XV–XVII веках закреплялись сначала за крестьянами и посадскими людьми, а позже — за всеми сословиями. Географически фамилия Шелегов чаще всего встречается в южных областях России (Курская, Белгородская, Воронежская) и на востоке Украины, что подтверждает её связь с южнорусскими говорами.

Встречается и вариант написания через «и» — Шилигов, но он менее характерен и может указывать на другую диалектную основу. В любом случае, фамилия Шелегова — это не древняя аристократическая, а народная, прозвищная, и её носители в большинстве своём были крестьянами или мещанами, получившими фамилию по характерной черте предка.