Фамилия Шелегин образована по типичной для русских фамилий модели: от прозвища или имени Шелега с помощью притяжательного суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — «Шелегин сын»). Основа фамилии — Шелег(а) — звучит необычно и сразу вызывает вопрос: откуда она взялась?

Самая вероятная версия связывает прозвище Шелега с диалектным словом «шелег» — так в некоторых русских говорах называли мелкую монету (обычно старинную, вышедшую из употребления). В этом случае Шелегой могли прозвать человека прижимистого, мелочного или, наоборот, того, кто вёл расчёты, торговал мелочью. Параллель прослеживается с фамилией Шелягин, где основа восходит к «шеляг» (польск. szeląg — мелкая монета). Такое прозвище могло закрепиться за крестьянином или ремесленником, имевшим дело с деньгами.

Менее распространённая, но допустимая версия — связь с тюркским именем или прозвищем Шелек, которое могло трансформироваться в «Шелега» через народное произношение. В таком случае корень мог означать «корзина», «ведро» или относиться к роду занятий.

Фамилия Шелегин фиксируется в русском ономастиконе, но не относится к числу массовых. Встречается в центральных регионах России и на Урале. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования рассматриваются в группе фамилий от прозвищ, связанных с названиями денежных единиц, — это косвенно подтверждает первую версию.

Таким образом, предок носителя фамилии Шелегин, скорее всего, получил прозвище Шелега по отношению к деньгам или по роду занятий, связанных с мелкой торговлей и расчётами.