Фамилия Шалтунова — вариант женского рода от мужской фамилии Шалтунов. В её основе лежит прозвище или мирское имя Шалтун, а само слово «шалтун» в русских говорах имело несколько значений. В вятских и пермских диалектах шалтуном называли шалуна, проказника, озорника, а также болтуна или пустомелю. В других областях слово могло означать «шальной», «ветреный человек». Таким образом, фамилия образована по самой распространённой модели: от прозвища с помощью суффикса -ов, указывающего на принадлежность («чей?» — сын Шалтуна). Суффикс -ов здесь типичен для русских фамилий, возникших в центральных и северных регионах.

Менее вероятно, но стоит упомянуть, что в некоторых говорах «шалтун» — это диалектное название определённого вида рыбы (например, мелкого окуня или ерша). В таком случае прозвище мог получить рыбак или человек, связанный с рыбным промыслом. Однако первая версия — от личной черты характера — встречается в ономастике чаще и правдоподобнее для крестьянской среды, где прозвища давали по поведению.

Географически фамилия Шалтуновы наиболее распространена в Кировской области и Пермском крае — как раз в зоне бытования вятских говоров, где слово «шалтун» активно употреблялось. Встречается она и в соседних регионах Урала и Поволжья. Сословно предки носителей фамилии, скорее всего, были государственными крестьянами или мастеровыми — прозвище Шалтун не несёт аристократического оттенка и не связано с духовенством.

Интересно, что фамилия Шалтунов не имеет однозначного соответствия в церковных святцах — это чисто бытовое, «уличное» именование, которое закрепилось в качестве фамильного. По написанию она отличается от похожей фамилии Шелтунов (от «шелтун» — болтун, врун), хотя корни у них близкие. Встречается также ударение на второй слог — Шалтунóв, что характерно для некоторых уральских говоров.