Фамилия Шалугин — один из тех случаев, когда прозвище предка почти наверняка связано не с поведением, а с ремеслом или местностью. Несмотря на очевидную ассоциацию с глаголом «шалить», носитель прозвища Шалуга вряд ли был озорником. В русских говорах слово «шалуга» имело конкретное, бытовое значение — плетень, изгородь из хвороста, а также кустарник, идущий на плетение. Человек, которого прозвали Шалугой, скорее всего, плёл такие изгороди, жил возле зарослей лозы или сам был худым и жилистым, как прут.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Шалугин — сын Шалуги. Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ или имён на -а/-я. Если бы основой было имя Шалуга, оно могло быть и некалендарным, охранительным: так родители могли назвать ребёнка, чтобы отвести от него беду — мол, не будет шалить, раз «шалугой» назвали. Но это лишь вторичная, народная этимология; основная версия остаётся ремесленной.

По географии фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской, а также к Поволжью. Именно в этих регионах слово «шалуга» в значении «плетень» или «ивняк» фиксировалось диалектологами. Встречается фамилия и на Урале, что говорит о миграции крестьян в XVII–XVIII веках.

В документах XVI–XVII веков, например, в актах по Северной Руси, встречаются крестьяне с прозвищем Шалуга. Ономасты (в частности, С. Б. Веселовский в своих работах по исторической ономастике) указывают на такие прозвища как на производные от названий предметов быта, а не от черт характера. Таким образом, Шалугин — это фамилия, которая хранит память о будничном труде предка: он либо плёл заборы, либо жил в местности, где плетение было основным промыслом.

Ударение в фамилии традиционно падает на второй слог — Шалу́гин, хотя в некоторых говорах встречается вариант с ударением на первый слог. В написании путаницы нет: через «а» в первом слоге, однокоренные фамилии — Шалунов, Шалухин (от «шалуха» — также вид изгороди или корзины).