Фамилия Шалдугин — одна из тех, где основа затемнена, а суффикс ясно указывает на географию. Модель образования типична для русского севера и северо-востока: суффикс -ин, а не -ов, говорит о том, что прозвище Шалдуга, от которого пошла фамилия, оканчивалось на -а. Такие фамилии чаще встречаются в новгородских, вятских, архангельских землях, где прозвища на -уга, -ага, -ыга были особенно живучи.

Самое сложное — корень «шалд-». В русских говорах слово «шалда» или «шалдуга» не зафиксировано в словарях литературного языка, но есть в диалектной лексике. По одной из версий, «шалда» — искажённое или региональное произношение от «шаль» (дурь, дурь, бесшабашность) или от «шалый» (сумасбродный, взбалмошный). Тогда Шалдуга — прозвище человека с неуравновешенным, порывистым характером. Суффикс -уг-/-юг- в северных говорах придавал слову оттенок грубоватости или уменьшительности, как в «ветлюга», «пичуга», так что Шалдуга — это «шалун» или «бедокур» в местном произношении.

Есть и более приземлённая версия: в некоторых архангельских и вологодских говорах «шалда» означала «шест», «жердь», «багор». Тогда прозвище могло закрепиться за рыбаком или плотогоном, который работал с таким инструментом. Правдоподобнее первая версия — прозвища по характеру давали чаще, чем по орудию труда, но полностью исключать и хозяйственный корень нельзя.

Фамилия редкая. Встречается в основном в Кировской области, Пермском крае и на Урале — то есть в зоне поздней колонизации выходцами с Русского Севера. Шалдугины — это, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, не дворяне: фамилии на -ин с прозвищной основой редко получали представители высших сословий, если только не шли от крестильного имени (но здесь имени нет). Сословный потолок — мещане или государственные крестьяне.

Другие фамилии с тем же корнем — Шалдин, Шалдов, Шалдыгин — могут быть как однокоренными, так и образованными от других основ (например, от имени Шалда, которое иногда считают производным от скандинавского имени). Но для Шалдугина скандинавская версия маловероятна: слишком специфичный суффикс, нехарактерный для заимствованных имён.