Фамилия Шалугина — женская форма фамилии Шалугин, а её основа — прозвище или мирское имя Шалуга. В русской ономастике это довольно редкий случай, когда корень слова не связан напрямую с глаголом «шалить» в современном понимании.

Слово «шалуга» в старых русских говорах имело совсем другое значение, чем ожидаешь. В северных и сибирских диалектах так называли заросли кустарника, мелкий лес, а также плетень, сплетённый из ивняка или хвороста. Человек мог получить прозвище Шалуга по месту жительства — «живущий у шалуги», то есть у зарослей или плетня. Либо прозвище давали за внешность или характер: в некоторых областях «шалугой» называли долговязого, нескладного человека, а где-то — бродягу или нелюдимого отшельника.

Модель образования типична для русских фамилий: основа Шалуг- плюс патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Шалугин, то есть сын Шалуги). Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а/-я. Такая модель широко распространена на севере России, в Поволжье и в центральных областях.

Версия о происхождении от глагола «шалить» (озорничать, проказничать) возможна, но менее убедительна. Слово «шалун» в русском языке известно давно, однако форма «шалуга» для обозначения озорника нехарактерна — обычно использовали суффиксы -ун, -ак, -ик. Поэтому лингвисты (в частности, в словаре русских фамилий Б. Унбегауна) склоняются к диалектному, «растительному» или социальному значению основы.

Географически фамилия Шалугин (и Шалугина) встречается нечасто, но имеет чёткие «гнёзда» в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — как раз там, где слово «шалуга» в значении «кустарник, плетень» было в ходу. Это косвенно подтверждает севернорусское происхождение.

В дореволюционной России носители фамилии Шалугины могли быть как крестьянами, так и посадскими людьми — точных данных о сословной принадлежности нет, но суффикс -ин и диалектная основа указывают скорее на крестьянскую или мещанскую среду, чем на дворянство.