Фамилия Шапугина — женская форма фамилии Шапугин. В основе её лежит прозвище или нецерковное имя Шапуга. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Шапугин буквально означал «сын Шапуги» или «человек из семьи Шапуги».

Корень «шап-» сразу вызывает ассоциацию со словом «шапка». Вероятнее всего, Шапугой прозвали мастера, который шил шапки, или торговца головными уборами. В старых русских говорах слово «шапуга» могло означать не только шапку, но и нечто нахлобученное, небрежно надетое — отсюда могло пойти ироничное прозвище для человека, который носил шапку набекрень или постоянно её терял. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «шапура» — шапка, колпак; «шапуга» может быть его вариантом.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «шапать» — шлёпать, хлопать, неуклюже идти. В этом случае Шапуга — прозвище медлительного или неуклюжего человека. Однако первая версия, ремесленная, выглядит убедительнее: прозвища по профессии в русских фамилиях встречаются гораздо чаще, чем по случайным чертам характера.

Фамилия Шапугин (и Шапугина) не относится к числу распространённых. Встречается она в основном в центральных областях России и в Поволжье. В архивных записях XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с такой фамилией — это говорит о том, что предки Шапугиных были скорее всего не дворянами, а свободными или зависимыми крестьянами, ремесленниками. Сословный потолок для носителей такой «ремесленной» фамилии был низким: шапочник — профессия городская, но не боярская.

Родственные фамилии — Шапкин, Шапошников, Шаповалов — все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами. Шапугин стоит особняком из-за редкого суффикса -уг-, который в русских прозвищах придаёт слову оттенок уменьшительности или пренебрежительности (сравните: «мальчуган», «ветрюга»). То есть Шапуга — это не просто «шапочник», а скорее «шапчонка», «плохонькая шапка», что усиливает ироничный оттенок прозвища.