Фамилия Шалдыгин образована по древней и простой модели: от прозвища или имени Шалдыга с помощью патронимического суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — «Шалдыгин» — сын Шалдыги). Основа фамилии — слово «шалдыга» — в русских говорах имеет несколько значений, и все они связаны с живой, подвижной или неспокойной натурой человека.

В диалектах русского языка «шалдыга» — это, прежде всего, «шатун», «бродяга» или «озорник». В некоторых областях так называли человека суетливого, беспокойного, «шалого» (сравните с однокоренным «шалды-балды» — пустая болтовня, бестолковщина). Таким образом, прозвище Шалдыга мог получить непоседливый, шаловливый или взбалмошный человек. Вторая, более редкая версия связывает слово с диалектным «шалдык» — удар, оплеуха, что могло указывать на драчливый нрав или на человека, который «раздаёт шалдыки».

В ономастике фамилия Шалдыгин — редкая, её нет в массовых списках распространённых русских фамилий. Это говорит о том, что она возникла в относительно узком кругу носителей, скорее всего, на севере или северо-востоке России, где диалектное слово «шалдыга» было в ходу. В пользу этой версии говорит и типичный для северных регионов суффикс -ин, который в этих местах долгое время конкурировал с общераспространённым -ов.

Стоит отметить, что фамилия Шалдыгин не имеет отношения к тюркским или иным иноязычным корням, как это иногда ошибочно предполагают из-за созвучия. Это чисто русская фамилия, чьё значение лежит в области народной характеристики: предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком живым, непоседливым или со своеобразным, «ершистым» характером, за что и получил своё прозвище.