Фамилия Шалуханский звучит как типичная польская или западнорусская «дворянская» фамилия, но её основа куда прозаичнее. Суффикс -ский указывает на происхождение от географического названия, обычно от названия имения или местечка. В данном случае — от топонима Шалуханы, Шалухань или похожего. Такие названия нередки на территории современной Беларуси и Украины, где существовали хутора и урочища с этой основой.

Корень «шалух-» в восточнославянских говорах имеет несколько значений. В украинском и белорусском языках «шалуха» — это шелуха, кожура, лузга, то есть что-то пустое и ненужное. Прозвище Шалуха могли дать либо нерадивому хозяину, у которого всё «в шелуху» пошло, либо человеку с незначительной, мелкой внешностью. Вторая версия — от глагола «шалить»: Шалуха — прозвище озорника или баловника. В польском языке есть слово szaluch (от szal — «шаль, платок»), но для фамилии эта версия менее вероятна.

Первые носители фамилии, скорее всего, были шляхтичами или однодворцами, получившими фамилию по владению участком Шалуханы. Если же фамилия возникла позже, в XIX веке, её могли дать крестьянам, переселенным из деревни с таким названием. В отличие от фамилий на -ов/-ин, фамилии на -ский в Российской империи чаще встречались у духовенства и дворянства, но не исключение — и у мещан, особенно на западе страны.

Сегодня фамилия редкая. Её можно встретить в Беларуси и в западных областях России, куда в XIX веке переселялись крестьяне из белорусских и польских губерний. В написании путаницы почти не бывает: вариант Шалуханский — единственно верный, без двойных согласных и с ударением на второй слог: Шалуха́нский.