Фамилия Шелуханский — одна из тех, что сразу выдают географию своего происхождения. Суффикс -ский (в старом написании -ской) в русских фамилиях чаще всего указывает на связь с местностью. Это мог быть польский или украинский шляхетский суффикс, но в восточнославянской среде он означал «выходец оттуда-то» или «владелец такого-то имения». В случае с Шелуханским основа явно не топонимическая, а прозвищная, что делает фамилию редким гибридом: корень от личного прозвища, а оформление — как у дворянской или казачьей старшины.

Корень «шелух-» в русских говорах имеет два основных значения. Первое и самое очевидное — «шелуха», то есть нечто пустое, сор, кожура. Прозвище Шелуха могли дать человеку несерьёзному, пустому, либо, наоборот, с иронией — за любовь к семечкам или работе с зерном. Второе значение встречается в южных и украинских диалектах: «шелухать» означало «лущить», «чистить». Тогда Шелуха — это мастер по очистке зерна или орехов, ремесленник. Есть и третья, менее распространённая версия: связь с «шелудивый» (покрытый коростой, шелушащейся кожей). Но она менее вероятна, так как такие прозвища обычно давали с прямым и грубым смыслом, а фамилия на -ский предполагает более позднее, книжное оформление.

Модель образования проста: от прозвища Шелуха (или Шелухан — с экспрессивным суффиксам -ан) прибавили типичный для фамилий землевладельцев и духовенства суффикс -ский. Получилось Шелуханский — «сын Шелухана» или «человек из рода Шелухи». В XIX веке такие фамилии часто давали в семинариях: ученику могли «переделать» простонародную фамилию на более благозвучный лад. Если предки Шелуханских были крестьянами, фамилия могла возникнуть при переписи, когда писарь «облагородил» звучание.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу России. Наибольшая плотность носителей — в Белгородской, Курской, Воронежской областях, а также на Украине (Сумская, Харьковская области). Это совпадает с зоной распространения украинского влияния на русские фамилии. Встречается вариант написания Шелуханской (женская форма, но изредка и мужская, если фамилия не склонялась). В польском языке есть похожая фамилия Szeluchanski, но это уже отдельная, возможно, шляхетская ветвь.

В дореволюционных справочниках Шелуханские не упоминаются как известный дворянский род. Скорее всего, это фамилия однодворцев (государственных крестьян, потомков служилых людей) или казаков. В любом случае, носитель фамилии может быть уверен: его предки жили на южных рубежах, где смешивались русский и украинский языки, и занимались, судя по всему, земледелием или ремеслом, связанным с обработкой зерна.