Фамилия Шелухан — редкий пример, где в основе лежит не имя и не профессия, а прозвище, связанное с внешностью или характером. Корень здесь — «шелуха», то есть нечто сухое, шелушащееся, отслаивающееся. Прозвищем Шелуха могли наградить человека с шелушащейся кожей, перхотью или просто сухого, худого, «облезлого» вида. В переносном смысле так могли назвать и придирчивого, мелочного человека, который «цепляется к каждой шелухе» — то есть к пустякам.

Словообразовательная модель у фамилии нестандартная. Обычно от прозвища Шелуха образовывали фамилию с суффиксом -ин: Шелухин. Но здесь мы видим суффикс -ан, который в русских фамилиях встречается реже. Этот суффикс часто придавал прозвищу оттенок крупного, заметного признака (сравните: ухо — ухан, нос — носан). То есть Шелухан — это «большая шелуха» или «тот, кто сильно шелушится». В украинской традиции суффикс -ан мог также указывать на принадлежность к роду или просто усиливать основу.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям. Встречается на Кубани, в Ростовской области, в Белгородчине. В дореволюционных переписях носители Шелуханов и Шелухиных попадаются чаще, чем Шелуханы, что подтверждает редкость именно этой формы. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или казаками — прозвищные фамилии такого типа редко поднимались выше мещанства.

В ономастических справочниках фамилия не описана подробно — её нет в словаре Унбегауна, что неудивительно для локальной малозаметной фамилии. Но по словообразовательной логике и аналогиям (сравните: Лохан, Болван, Чухан) Шелухан — типичное прозвище, закрепившееся во времена, когда людей называли по броской примете, а не по отцу. Если ваш предок был Шелуханом, то в XVI–XVII веках его так и кликали в своей деревне — за сухость кожи или за привычку дотошно выискивать недостатки.