Фамилия Шелух — один из примеров, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, без типичных суффиксов -ов или -ин. В русской ономастике такие случаи встречаются реже, и обычно они указывают на относительно позднее закрепление фамилии или на украинское или белорусское происхождение. В украинской и южнорусской традиции фамилии без суффикса (так называемые «оголенные» фамилии) — обычное дело: Шелух, Шевченко, Пономарь.

Основа фамилии — прозвище Шелух. Его значение прозрачно и связано с глаголом «шелушить» или существительным «шелуха». Скорее всего, прозвище дали человеку, который занимался очисткой зерна, лущил семечки или работал на мельнице, отделяя шелуху от ядра. В переносном смысле «шелухой» могли назвать худого, щуплого человека — как пустую оболочку. Есть и версия, что прозвище относилось к говорливому или пустому человеку, который «мелет шелуху» — то есть болтает вздор. Но первое, ремесленное значение выглядит убедительнее: в среде крестьян и мельников прозвища по роду занятий давали чаще, чем по внешности.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Шелухин, Шелухов, Шелухинский — более поздние образования, где к основе добавился суффикс принадлежности. Шелух же стоит в ряду с такими фамилиями, как Шелудько (от «шелудь» — кожура) или Шелуха (прямое название отхода). Географически фамилия Шелух чаще всего встречается в исторических областях Слобожанщины и Полтавщины, а также в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне.

В документах фамилия фиксируется с XIX века, в основном в ревизских сказках и метрических книгах Полтавской и Харьковской губерний. Социальный состав носителей — преимущественно государственные крестьяне и казаки. Дворянских родов с такой фамилией не отмечено, что подтверждает её народное, ремесленное происхождение.