Фамилия Шелухеев — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа не даёт однозначного ответа, а заставляет перебирать несколько версий. Главная сложность в том, что корень «шелух-» в русских говорах многозначен, и каждая из его трактовок ведёт к разному социальному портрету предка.

Словообразовательная модель фамилии — патронимическая на -ев, присоединённая к основе Шелухей. Это нестандартный суффикс -ей, который в русских фамилиях встречается реже, чем -ай или -уй. Он мог указывать на прозвище, образованное по модели кратких прилагательных или глагольных форм (ср. фамилии Болдырев, Гордеев). Таким образом, Шелухей — это прозвище, а Шелухеев — «сын Шелухея».

Самая прямая версия отсылает к диалектному глаголу «шелушить» — чистить, лущить, сдирать шелуху. В таком случае прозвище Шелухей мог получить человек, занятый обработкой зерна, орехов или шишек: мельник, крупорушник, работник на маслобойне. В некоторых северных и сибирских говорах «шелухой» называли скорлупу, кору или очёски льна, а «шелухать» значило «чесать лён». Значит, предок мог быть льноводом или трепальщиком.

Вторая версия — антропонимическая. В старых писцовых книгах встречается некалендарное имя Шелуха (от него же фамилия Шелухин). Форма Шелухей могла возникнуть как уменьшительно-ласкательный вариант с тем же суффиксом, что в именах Тимоха — Тимохей, Митроха — Митрохей. В этом случае фамилия Шелухеев — потомок человека по прозвищу Шелуха, которое, в свою очередь, могло значить «оборванец» или «тот, кто облупился» (от «шелудивый» — с шелушащейся кожей). Однако в пользу «ремесленной» версии говорит то, что в русских фамилиях прозвища от кожных болезней обычно давали с суффиксом -ав- (Шелудивый, Шелудяков).

Географически фамилия Шелухеев редкая и тяготеет к южнорусским областям — Курской, Воронежской, Ростовской, а также встречается у донских казаков. Это косвенно подтверждает «земледельческую» гипотезу: именно в чернозёмной полосе были распространены промыслы по обработке подсолнечника и зерна. В отличие от северных вариантов Шелухин или Шелухов, форма на -еев привязана к более южному ареалу.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что первый Шелухеев — не боярин и не священник, а крестьянин или посадский человек, занятый в переработке сельхозпродукции. Точное значение прозвища — «тот, кто шелушит», то есть чистит зерно или орехи. Фамилия не получила дворянского статуса и не попала в родословные книги, поэтому её история — это история рядового трудового сословия.